Розыгрыш Кубки России проводится по системе с выбыванием. Любительские клубы и клубы второго дивизиона (ПФЛ) вступают в розыгрыш со стадии 1/512, 1/256 или 1/128 финала в зависимости от количества команд в соответствующей зоне дивизиона, при этом для команд низших дивизионов при формировании пар в сетке турнира учитывается территориально-географический принцип. До сезона-2020/21 клубы первого дивизиона (ФНЛ) в большей части розыгрышей вступали в борьбу со стадии 1/32 финала, а Премьер-Лиги — со стадии 1/16 финала, проводя на этих стадиях матчи на полях соперника из более низкого дивизиона. Все стадии, за исключением некоторых розыгрышей, состоят из одного матча, хозяин поля определяется по разности выездов и приёмов в уже состоявшихся матчах (с 1/16 финала отсчёт производится заново), а при равенстве этого показателя — жребием. В случае ничейного исхода основного времени матча назначаются два дополнительных тайма по 15 минут, если и после них победитель не выявлен — пробивается серия послематчевых пенальти.С сезона-2020/21 участники еврокубков начинают борьбу за трофей с 1/8 финала, остальные команды Премьер-лиги — с так называемого элитного группового раунда, который состоит из групп (количество которых соответствует числу не попавших в еврокубки команд премьер-лиги) по 3 команды в каждой — по одной от РПЛ, ФНЛ и ПФЛ. Отбор в элитный групповой раунд для команд ФНЛ и ПФЛ осуществляется раздельно. Победители однокруговых групповых турниров (матчи проводятся на полях команд из более низкого дивизиона) выходят в 1/8 финала.